L'idée de musée naît en 1836 au moment de la création de la Salle des portraits dans l'Hôtel de Ville. Mais il n'est réellement fondé qu'en 1977 avec l'acquisition d'une ancienne demeure bourgeoise. Il ouvre ses portes au public en 1982. Suite à un incendie, un projet de restructuration et d'extension voit le jour en janvier 1995. L'ensemble des travaux est achevé en 2001.

Cet hôtel particulier est le résultat du regroupement de trois maisons boutiques médiévales accolées. Ancienne propriété de la famille de Saint-Moris, c'est sans doute l'un des plus vieux bâtiments que compte la ville aujourd'hui. Olivier de la Marche, chroniqueur de Charles-le-Téméraire, y aurait séjourné au XV^e siècle.

L'intérieur a été considérablement modifié au cours des siècles. Il ne subsiste que trois baies du XV^e siècle avec leur encadrement, des plafonds à solives apparentes du XVII^e siècle dont quelques poutres sont encore décorées de motifs végétaux et de vues de Pontarlier, un plancher en ébénisterie du XIX^e siècle et un ensemble de vitraux du début du XX^e siècle.

Les collections retracent une partie de l'histoire de Pontarlier et du Haut-Doubs depuis ses origines supposées jusqu'au XX^e siècle : archéologie (préhistoire, protohistoire, haut Moyen-Âge), faïences françaises et étrangères, peinture comtoise (XIX^e et XX^e siècles). Le musée évoque également le rôle prépondérant de Pontarlier dans l'histoire de l'absinthe.

Musée de Pontarlier		Musée de Pontarlier - Grand Salon
Musée de Pontarlier - Archéologie		Musée de Pontarlier - Faïence

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