Ses origines restent inconnues. Rien ne subsiste de cet édifice primitif, qui a sans doute servi de relais dès avant le XI^e siècle entre les abbayes Saint-Bénigne de Dijon et Saint-Maurice d'Agaune (dans le Valais suisse).

Le portail latéral nord est l'élément le plus ancien (XV^e siècle). L'édifice a été remanié à plusieurs reprises. Le clocher-porche typiquement comtois est coiffé d'une toiture dite à l'impériale, recouverte de tuiles vernissées. Une tour extérieure abrite l'escalier d'accès à l'horloge, aux cloches et à la chambre du guetteur chargé de donner l'alerte en cas d'incendie. Une nef, composée d'un vaisseau central et deux bas côtés bordés de chapelles latérales, précède le choeur construit en 1809. Une chapelle des Soldats est construite en 1920 en mémoire des victimes de la Première Guerre mondiale. Le voûtement de l'ensemble n'est pas uniforme : voûtes d'arêtes, voûtes d'ogives et plafond. En 1970, le chanoine Prenel lance une importante restauration achevée en 1974 avec la pose de vitraux du peintre Alfred Manessier (1911-1993) qui constituent un itinéraire spirituel inspiré de Saint Jean de la Croix (1542–1591) jusqu'à l'Alléluia de la rosace du choeur.

À noter, divers éléments mobiliers dont plusieurs sont protégés au titre des Monuments Historiques : une statue en bois polychromé de la Vierge à l'Enfant dite Vierge de Lausanne (XV^e siècle), le maître-autel créé par Irène Zack (1970), les orgues du XVIII^e siècle restaurées et enrichies d'un positif en 1982, la chaire à prêcher (1754), un Christ gisant (XVI^e siècle), une Vierge Noire à l'Enfant dite Notre-Dame des Ermites ou Notre-Dame d'Einsiedeln (1690) qui fait l'objet d'un culte très répandu dans le Haut-Doubs.

Église Saint-Bénigne

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